De esta forma, el juez federal de Tucumán, Raúl Bejas hizo lugar al pedido del Ministerio Público y elevó a juicio la causa contra Minetti. Todos los informes que figuran en la causa dan cuenta de los elevados valores de contaminación en cursos de agua a raíz de los residuos que emanan de la planta.

La investigación se inició en el año 2006 con el objetivo de verificar si la firma se encuentra en infracción de la ley de residuos peligrosos.

El fiscal general de ‪Tucumán‬, Gustavo Gómez, había solicitado una serie de medidas en el marco de las actuaciones preliminares antes de iniciar la investigación. El representante del MPF ordenó verificar las instalaciones y comprobar si se quemaban los restos de caña de azúcar y si se vertían líquidos y desechos. También, requirió la elaboración de un informe para determinar si en la zona se presentan casos de enfermedades vinculadas a la polución de la planta.

En los estudios realizados sobre muestras de líquidos y sólidos descartados en distintos cursos de agua, se detectaron valores de demanda bioquímica y química de oxígeno (dos parámetros que indican la cantidad de sustancias contaminantes en cursos de agua) que excedían los límites permitidos por la ley 24051 que regula en resguardo de la salud y niveles de ‪‎contaminación.‬

Bejas ordenó ahora la elevación a juicio de la causa por el delito previsto en el artículo 55 de la ley de residuos que establece penas de entre tres y diez años a quien envenene, adultere o contamine "de un modo peligroso para la salud, el suelo, el agua, la atmósfera o el ‪‎ambiente‬ en general".